Третьим этапом русского объединительного процесса стала феодальная война второй четверти XV в. Она коренным образом отличалась от прежних княжеских междоусобиц. Еслив начале XIV в. самым престижным на Руси был Владимирский стол (престол) и князья разных земель оспаривали его друг у друга, то теперь князья московского дома боролись за обладание Москвой. Роль самой Москвы как общерусского центра в ходе этой междоусобицы сомнению не подвергалась.
Начало кризиса носило династический характер. После смерти Василия I против его десятилетнего сына Василия II (1425–1462) выступил брат Василия I, сын Дмитрия Донского — Юрий, удельными владениями которого были подмосковный Звенигород и Галич в Костромской земле. Фактически столкнулись два принципа престолонаследия: от отца — к сыну (династический) и от брата — к брату (лествичное право времен Киевской Руси). После смерти Юрия борьбу продолжили его сыновья — Василий Косой и Дмитрий Шемяка.
Война велась по всем правилам Средневековья — в ход пускались ослепления (отсюда и прозвища: Василий II Темный, Василий Косой), отравления, заговоры и др. Театром военных действий стала вся Московская земля. Соперники сжигали города, уводили жителей в плен.
Юрий Дмитриевич дважды занимал Москву (в 1433 и 1434 гг.). Василия II поддержали московские бояре и церковь, что и обеспечило ему победу. Война замедлила ход объединения земель, усилила зависимость от Орды (хан Улу-Мухаммед совершил набег на Русь в 1445 г. и даже захватил в плен Василия II), Но война показала и феодалам, и народу необходимость единства для сохранения государственного порядка. «Призрак» кровавых усобиц XII-XIV вв. усилил стремление к твердой власти. Поэтому, в конечном счете, феодальная война укрепила великокняжескую власть.
Следует отметить, что подобные феодальные войны имели место и в странах Западной Европы — династические споры Ланкастеров и Йорков в Англии (война Алой и Белой розы в середине XV в., приведшая к становлению новой династии Тюдоров), ожесточенная борьба двух феодальных партий при Карле VI (1380–1422) во Франции, во главе которых стояли дядья и опекуны короля — герцоги Бургундский и Орлеанский.
Современная историография выделяет две противоположные тенденции дальнейшего развития Руси, наметившиеся в конце XV — начале XVI в.: предбуржуазный путь, который оформлялся на Севере с его соледобывающей промышленностью и отчасти в Поволжье, и крепостнический, характерный для Центра.
Предвестником столкновений этих двух тенденций и явилась борьба Москвы с Галичем, Вяткой, Устюгом во время этой феодальной войны. В противостоянии сошлись крепостническая, крестьянская и монашествующая Москва и северная вольница промысловых людей (солеваров, рыболовов) и свободных крестьян. Подобные утверждения можно встретить в работах Н.Е. Носова, А.А. Зимина и др. Однако большинство историков считают, что социальная жизнь Руси XV в. не была приспособлена к радикальным сдвигам и преобразованиям. Отсутствовало суверенное право собственности у феодалов, ничем не регламентировалась власть великого князя. Сплошные взаимные клятвопреступления, конфискации земель и их раздачи, сомнительная легитимность династических комбинаций и пр. — все это составляло основу княжеских отношений, не регламентируемых правом, и было типологически близко восточной деспотии.
После похода Василия II на Новгород Великий в 1456 г. (по Яжелбицкому миру) была сильно ограничена самостоятельность республики. Новгород ставился под совместное управление великокняжеского наместника и местной администрации, отказался от права внешних сношений, признал переход части его владений в состав Московского княжества. В 1461 г. признал зависимость от Москвы и Псков, принявший наместника великого князя.
На рубеже XV–XVI вв., во времена правления Ивана III (1462–1505) и первых лет княжения его сына Василия III (1505–1533), в основном завершилось объединение русских земель в одном государстве. В 1471 г. (после высказанного частью новгородского боярства желания признать вассальную зависимость от Литвы) Иван III организовал кровавый поход против Новгорода Великого. В нем приняли участие войска всех подвластных Москве земель, что придало ему общерусский характер. Победа на р. Шелони обеспечила Ивану III присоединение Новгорода (считается, что окончательно это произошло в 1478 г., когда из города был увезен в Москву вечевой колокол). Вхождение Новгорода увеличило территорию Московского государства почти в 2 раза.
После знаменитого стояния русских и татарских войск на реке Угре Иван III добился освобождения от Золотой Орды. 11 ноября 1480 г. — день ухода хана Ахмата с берегов Угры — принято считать днем полного освобождения Русской земли от ордынского ига. Вскоре Ахмат был убит своими противниками. Полагают, что хан Шибанской, или Тюменской Орды Ивак с ногаями встретил Ахмата на зимовке 6 января 1481 г., отрубил ему голову и отправил ее великому князю Москвы в доказательство, что его враг повержен.
В 1485 г. после двух дней осады сдалась Тверь. С 1487 по 1494 г. продолжалась война между Москвой и Польско-Литовским государством. Во время войны умер король Казимир IV, а его сын Александр вынужден был заключить в 1494 г. мир, по которому признавал все отъезды князей и феодалов из Литвы; Литва отказывалась на вечные времена от Новгорода Великого, Пскова, Твери и т.д.; за Иваном III признавался титул «государя всея Руси». Этот титул соответствовал политической задаче воссоединения всех исконно русских земель, оставляя за Польско-Литовским государством только те территории, которыми Польша и Литва располагали до нашествия монголо-татар. Именно это Иван III постоянно подчеркивал и в переписке с Римским Папой, и в переговорах с королем Александром. Усиление Москвы в конце XV в. породило встречное движение в регионах с превалирующим русским населением, начались массовые переходы и крупных феодалов, и людей других сословий. На рубеже XV-XVI вв. в состав Московского княжества вошли Северские земли — между реками Сожем и Десной, вернулись города Чернигов, Любеч, Гомель, Трубчевск, Новгород-Северский, Стародуб и др.
Иван III заботился об укреплении государства. В 1497 г. был составлен первый общерусский «Судный устав», или Судебник. Политическая централизация обгоняла экономическую. Ни одно европейское государство к тому времени единого общенационального судебника не знало. В Германии он появился через 30 лет (под влиянием русского), во Франции — через 50 лет. Судебник Ивана III, в частности, установил для крестьян единый срок перехода от владельца к владельцу: неделя до и неделя позже Юрьева дня осеннего (26 ноября).
Много внимания Иван III уделял развитию внешней торговли, борьбе с эпидемиями и проникновением болезней из-за рубежа. Кремль при нем приобретает вид, сохранившийся до 1929 г. 12 ноября 1472 г. Иван III обвенчался с греческой царевной Зоей (Софьей), дочерью Фомы Палеолога, брата последнего императора Византии, Брак этот укрепил престиж Руси и самого великого князя московского. Греческого двуглавого орла Иван III соединил на своей печати с гербом московским. На одной стороне был изображен орел, на другой — всадник, попирающий дракона, с надписью: «Великий князь Божею милостию господарь всея Руси».
В правление Василия III в 1510 г. прекратила свое существование Псковская республика. В 1514 г. после третьей подряд войны с Литвой к Москве отошел старинный русский город Смоленск, население которого открыло ворота армии Василия III. С присоединением в 1521 г. Рязани объединение русских земель было в основном завершено. Возникла крупнейшая в Европе страна, которая с конца XV в. стала называться Россией. Впервые это название встречается в летописях времени правления Ивана III.
Постепенно оформлялся и государственный аппарат Московского княжества. Круг ближайших советников великого князя составляла Боярская дума. Сфера ее компетенции определялась волею государя. В первой трети XVI в. сложилась лестница чинов в Думе, которые «жалован» государь: высший — боярин и низший -. Первый чин, самый важный и престижный, присваивался лицам из представителей около двух десятков наиболее знаменитых фамилий — Рюриковичей и Гедиминовичей, т.е. потомков правящих домов Древней Руси (Воротынские, Мстиславские и др.) и Великого княжества Литовского (Голицыны, Куракины и др.), а также — старых московских боярских родов (Романовы, Морозовы, Шереметевы, Шеины и др.). Среди окольничих, по подсчетам В.И. Буганова, насчитываюсь до половины бывших удельных князей; другую половину составляли потомки московских бояр. С начала XVI в. в работе Думы все более широко стали участвовать думные дворяне (что тоже превратилось в чин) и думные дьяки. Последних часто называют профессиональными управленцами.
В первой трети XVI в. было лишь два общегосударственных ведомства: Дворец и Казна. Первый ведал землями великого князя, судил население. Казна отвечала за финансовые вопросы, руководила внешней политикой, являлась по сути дела государственной канцелярией.
Страна делилась на уезды, волости и станы. Власть в уезде принадлежала наместнику, в станах и волостях — волостелям. Эти должности назывались кормлениями (содержание управителей состояло из «кормов» от населения и пошлин).
Таким образом, во второй половине XV — первой трети XVI в. государственный аппарат уже существовал, но в нем еще не было строгого разделения функций. Сильны были и пережитки феодальной раздробленности. Так, после ликвидации удельных княжеств для управления отдельными землями создавались местные «дворцы» — рязанский, тверской и т.д. Центральные органы власти не имели на местах своих представителей. Самодержавная суровость власти великого князя сочеталась со слабостью из-за отсутствия централизованного аппарата управления.
По пути централизации Россия продолжала развиваться и в XVI в.