Историки российского государства и права полагают, что XVII век явился временем расцвета приказной системы управления, которая начала складываться еще в середине XVI века. В первой половине XVII столетия число приказов значительно возрастает, что соответствовало потребностям усиления царской власти, становлению административного аппарата под жесткий и эффективный контроль. Исследователь государства и права России в период сословно-представительной монархии Н.П. Ерошкин отмечает, что на протяжении этого века существовало до 80 приказов как центральных бюрократических учреждений разных по значению, по функциям и по величине. О работе приказов известно из сохранившихся приказных документов. Большинство приказов располагалось на Ивановской площади в Московском Кремле в приказных палатах.
Одним из важнейших был Поместный приказ, который после прекращения смуты по царскому повелению провел подробное описание русских земель с целью восстановления земельных прав поместных дворян, нарушенных в ходе польской интервенции. В ведение приказа были сосредоточены дела о вотчинах и поместьях, о выдаче поместий, о приобретении вотчин. Поместный приказ рассматривал также земельные тяжбы между помещиками и вотчинниками, вел деятельность по возвращению беглых крепостных крестьян своим господам. Исполнительный аппарат Поместного приказа разделялся на несколько крупных внутренних структур - столов с большим количеством чиновников - подъячих и имел в XVII веке самые большие кадровые штаты.
Разрядный приказ ведал служилыми людьми из дворянства и включал в себя несколько крупных столов с обширным делопроизводством. Важнейшим из них был Московский стол, который ведал комплектованием воевод и иных высших военных чинов, подбирал кадровый аппарат приказов, занимался укреплением пограничных линий на окраинах государства и разбирал разные местнические дела. Прочие столы Разрядного приказа вели учет ратного состава русской армии. Документы после оформления обычно сворачивались в так называемый «столбец», поэтому служилые дворяне, чье сословное положение было отмечено соответствующими записями в подобных документах, именовались столбовыми дворянами.
Стрелецкий приказ вел все дела по службе, управлению и суду такого рода постоянного войска, как стрельцы, которые не только несли службу по охране границ государства, но и выполняли караульные и полицейские обязанности в городах. Кроме того, существовал особый Стремянной стрелецкий полк, выполнявший почетную обязанность сопровождать царя и патриарха в их поездках. Москва как столичный город охранялся несколькими привилегированными полками стрельцов. Стрельцы проживали в особых поселениях - стрелецких слободах. В свободное от службы время им было позволено заниматься торговлей и ремеслами. Каждый полк управлялся особой канцелярией - стрелецкой избой, и во главе полков стояли командиры, обладавшие правом суда над стрельцами. После участия стрельцов в политических событиях конца XVII века их полки были расформированы, и Стрелецкий приказ вскоре прекратил свое существование.
Казачий приказ ведал военной службой и финансовыми делами особого военно-служилого сословия, находившегося согласно данной царю присяге на регулярной воинской государственной службе. Иноземный приказ ведал иностранными военными специалистами, которые служили в полках так называемого иноземного строя (созданных по западноевропейскому образцу), например, драгунских, в качестве командиров, и русским рядовым составом, который набирался с мест в эти полки. Приказ осуществлял суд над иностранцами, оформлял пожалования офицерам-иностранцам за верную службу землями и крепостными крестьянами. В штате приказа состояли переводчики, так как не все иностранные командиры владели русским языком. Так как в русской армии из дворян также комплектовались особые конные полки - рейтарские, для их руководства и снабжения был создан Рейтарский приказ. В конце XVII века рейтарский и иноземный приказы были переданы под командование одного начальника. В 1630 годы специально для комплектования регулярной армии создаются приказы сбора ратных людей и сбора даточных людей, которые просуществовали более 20 лет. Для вооружения регулярной армии современными артиллерией и огнестрельным оружием были созданы приказы Пушкарский, Ствольный и Оружейная палата, которым были полностью подведомственны литейщики, кузнецы, ружейные мастера. Строительством укрепленных городов и новых крепостей на южных рубежах России ведал некоторое время Приказ городового дела.
Целый ряд приказов занимался специальными отраслями управления. Посольский приказ ведал дипломатическими сношениями с Западной Европой (Польшей, Англией, Швецией) и азиатскими странами (Турцией, Китаем, Персией). В штате приказа состояли старшие подъячие и подъячие, в подчинении которых были переводчики, оформители дипломатических грамот, приставы и стража. К концу XVII века аппарат Посольского приказа значительно вырос, в его состав вошли структуры по делам Литвы, Смоленских земель и Малороссии. В 1662 году был учрежден Малороссийский приказ для общего управления украинскими землями, который позже был включен в состав Посольского приказа. Сибирский приказ сосредоточил управление огромными сибирскими территориями, решение кадровых вопросов по служилым людям, сбор ясака с местных племен и так называемые посольские дела о внешних сношениях с Монголией и Калмыцкой землей.
В ведении Ямского приказа находилась так называемая ямская служба, то есть царские гонцы, конные возчики с подводами, управление ямскими учреждениями, выписка подорожных документов, надзор за дорогами в государстве, сбор денег на развитие ямского дела, расселение ямщиков в особых ямских слободах. Земский приказ ведал поддержанием в Москве общественного порядка, следил за городским благоустройством, занимался борьбой с пожарами, собирал налоги с московского тяглового населения и осуществлял судебные функции. Холопий приказ занимался регистрацией дворовых крестьян всех вотчинников и помещиков, оформлял различные кабалы и крепости на холопов, рассматривал тяжбы из-за холопов между боярами и дворянами, вел переписку с воеводами по розыску беглых крепостных крестьян. Бояре и дворяне, недовольные вынесенными решениями Поместного и Холопьего приказов, могли подавать жалобы или бить челом в Приказ сыскных дел, который являлся высшим судебным органом по земельным и холопским делам, а также решал дела, не подведомственные другим приказам. Из этого приказа в первой половине XVII века был выделен Приказ приказных дел, который ведал выполнением особых поручений по финансовым и управленческим вопросам. Историки права отмечают, что этот приказ имел весьма широкие конкретные полномочия. Некоторое время в Москве действовал Судный приказ, который взыскательно разбирал дела высшей служилой бюрократии, то есть стольников, дьяков и подъячих, иных чинов.
На становление российской медицины оказал существенное влияние Аптекарский приказ, в контору которого ежедневно приходили царские лейб-медики, аптекари, цирюльники числом до 50 человек для квалифицированного медицинского обслуживания царской семьи и высшей аристократии. Активной была деятельность Разбойного приказа, который занимался таким ответственным делом, как расследование уголовных дел по разбоям, убийствам, различным насильственным преступлениям. В распоряжении этого приказа имелась своя тюрьма пыточная изба с палачами.
Каменный приказ ведал обширными строительными работами, и в его подчинении находились кирпичные заводы, составление смет и планов на строительство, многочисленные плотники, каменщики, иные мастеровые люди. Через этот приказ отпускались необходимые строительные материалы. Печатный приказ осуществлял юридическое утверждение самых разнообразных документов как государственных учреждений, так и частных лиц. С деятельностью этого приказа связано развитие отечественного делопроизводства. Приказ золотого и серебряного дела занимался ювелирными делами и хранением различных драгоценных изделий.
Сбор государственных налогов был возложен на областные приказы, которые осуществляли управление отдельными территориями Русского государства. Такие приказы носили название четвертных, а территории именовались четвертями или четями. Нижегородский приказ ведал четью с 65 городами, среди которых были Новгород, Псков, Пермь. Владимирский приказ ведал четью с 26 городами. Были кроме названных четей также Костромская, Галицкая, Устюжская четверти. Торговлей спиртными напитками через кабаки, трактиры и шинки, отдачей продажи водки частным откупщикам, кабацкими сборами ведал Приказ новой четверти. Приказ большого прихода занимался сбором прямых и косвенных налогов, а также сдавал на откуп бани, лавки, торговые ряды, гостиные дворы и погреба для хранения продуктов, взимал плату с мер, которыми пользовались торговцы, взимал плату с клеймением товаров, ведал таможенными сборами. Приказ большой казны как чисто финансовый орган ведал сбором налогов с городского населения, а также денежным двором, который занимался чеканкой государственной монеты. В середине XVII века был создан Тайный приказ или Приказ тайных дел для сосредоточения управления приказной системой. Это был личная канцелярия царя, которой заведовал тайный дьяк, доверенное лицо царя. Приказ тайных дел постоянно контролировал деятельность остальных приказов, которых в Русском государстве на протяжении всего столетия, как уже отмечалось, существовало до 80 с разными функциями. Тайный приказ осуществлял не только явный контроль, но и секретные расследования по деятельности воевод на местах и даже послов за границей. Все политические дела, связанные с церковным расколом, то есть дела патриарха Никона и протопопа Аввакума, рассматривались в Приказе тайных дел. Особенно активно занимался приказ расследованием дела по мятежу донских казаков и примкнувших крепостных крестьян под предводительством Степана Разина. В помещении приказа был царский стол, где царь сам рассматривал различные дела, составлял документы, например, следственный вопросник боярам по восстанию Разина, выслушивал доклады подъячих по проверкам и ревизиям. В ведение этого приказа находилась личная царская переписка, личная денежная казна царя, царские подмосковные имения с дворцами, торговля с Персией, а также царская соколиная охота.
Делами Русской Православной церкви ведал в соответствие с XIII главой Соборного уложения 1649 года как государственное учреждение особо созданный Монастырский приказ, суду которого отныне были подчинены все монастыри и лица духовного звания, а также крепостные крестьяне, которыми они владеют. Монастырскому приказу не подчинялся только патриарх. Монастырский приказ назначал на должность и отрешал от должности настоятелей монастырей (архимандритов и игуменов), священников, дьяконов, контролировал монастырские и церковные денежные средства, собирал с монастырских и церковных земель чрезвычайные деньги. Против учреждения Монастырского приказа резко выступал патриарх Никон, усматривая в его деятельности крайнюю несправедливость установления светского суда над духовенством. После падения патриарха Никона уже в 1667 году иерархи Русской Православной церкви добились упразднения Монастырского приказа и изгнания светских чиновников из системы церковного суда.
Обратимся теперь к структуре приказов. Во главе каждого приказа стоял судья, назначенный из членов Боярской думы, не обязательно боярин, так как на должность судьи могли быть назначены думный дворянин или думный дьяк. Число приказных дьяков зависело от значительности и величины самого приказа, например, в Посольском приказе было три дьяка, а в Поместном приказе 15 дьяков. Дьяки набирались на службу в XVII веке не только из дворянства, но и из лиц духовного звания, а иногда из крупного богатого купечества. Дьяки за службу получали поместья и денежные оклады. Дьяки составляли доклады царю и затем со слов царя наносили на доклады резолюции, на основе которых составлялись царские указы. Следующий разряд служилых канцелярских чинов, то есть подьячие, принимались на службу из дворян и сыновей уже служащих в приказе подьячих. От значимости приказа и объема выполняемых функций соответственно зависел и штат подьячих, так в Поместном приказе служило несколько сотен подьячих, а в Посольском их было всего несколько десятков. Приказы разделялись на столы, во главе которых стояли дьяки, а столы делились на повытья, во главе которых стояли старшие подьячие.
В конце XVII века царь Федор Алексеевич провел реорганизацию приказной системы. Для совершенствования делопроизводства и искоренения бумажной волокиты он увеличил штаты приказов и установил жесткие сроки принятия решений по всем делам. Была значительно повышена персональная ответственность приказных судей и дьяков. Кроме того, царь установил ежедневное рабочее время для приказов. Тем не менее, приказная система постепенно начинала себя изживать в качестве центральных государственных учреждений Русских государства.
Одновременно с государственными приказами существовали патриаршие приказы, деятельность которых была напрямую связана с высшим иерархом Русской Православной церкви. Приказ духовных дел или Патриарший разряд занимался подготовкой документов и грамот, а также вершил суд над священством и мирянами, находившимися в подчинении патриарха. Казенный приказ распоряжался сборами денег в патриаршую казну. Дворцовый приказ ведал хозяйственными делами патриарха и служилыми светскими чинами на его службе. Существовал какое-то время Судный приказ. В патриарших приказах сложилась особая светская устроенная по иерархическому принципу система чинов: патриаршие бояре и дворяне, дьяки и подъячие.