Под влиянием атмосферы, характерной для средневековья (усиление церковного влияния на все стороны жизни общества, включая и науку), утвердилось представление, что душа является божественным, сверхъестественным началом, и потому изучение душевной жизни должно быть подчинено задачам богословия. Человеческому суждению может поддаваться лишь внешняя сторона души, которая обращена к материальному миру. Величайшие таинства души доступны лишь в религиозном (мистическом) опыте.
После упрочения господства христианской церкви появилась необходимость внести дополнения, разъяснения или трансформировать некоторые положения христианства. Нужно было и канонизировать постулаты, вытекающие из реалий, для того чтобы предотвратить распространение ереси, несущей церкви раскол. Так возник новый этап - патристика, учение отцов церкви, в котором богословие начинает обращаться к знаниям, накопленным в античности. С этого времени и почти до XII-XIII вв. взаимоотношения церкви и науки снова изменяются, причем церковь становится одним из главных хранителей и распространителей знаний.
Монастыри становились оплотом науки, в них хранили книги и обучали грамоте. Вообще единственными грамотными людьми, как правило, были монахи, а светские люди, феодалы, даже высшая знать, часто не умели писать и считать. В монастырях хранились не только церковные, но и светские книги, в том числе списки с книг античных психологов. Эти работы изучались и развивались в трудах церковных ученых, обычно работавших при монастырях. Важным было и то, что в это суровое время монастыри давали защиту, охраняли от голода и многих болезней, от военных грабежей. Несмотря на противодействие императоров, власть пап оставалась достаточно крепкой, чтобы противодействовать любым попыткам пошатнуть авторитет церкви. Этому способствовало и то, что, несмотря на остатки языческих верований, большинство светских властителей также были глубоко верующими людьми.
Такое положение просуществовало несколько веков, однако уже к XII-XIII вв. оно начало изменяться. Однако для взаимоотношений науки и религии этот поворот оказался не столь благоприятным, так как духовенство перестало быть единственным оплотом культуры. В это время стали появляться первые светские университеты, начала в Болонье, а затем в Париже. Открывались и светские школы - т.е. грамотными уже были не только монахи, но и аристократия купцы и ремесленники. Усиление городов с их самоуправлением, для которого необходимо высокое мастерство и выполнение цеховых правил, требовало и новой культуры, нового самосознания человека. Появилась и сильная светская власть, которая подчинила себе церковную.
Именно в это время и зародилась схоластика, которая в этот момент была достаточно прогрессивным явлением, так как предполагала не только пассивное усвоение старого, но и активное разъяснение и модификацию готового знания, развивала умение логически мыслить, приводить систему доказательств и строить свою речь. Тот факт, что это знание уже готовое, т.е. схоластика связана с использованием репродуктивного, а не творческого мышления, тогда мало настораживал, так как даже репродуктивное мышление направлено на получение и доказательство знания. Однако со временем схоластика начала тормозить развитие новых знаний, приобрела догматический характер и превратилась в набор силлогизмов, которые не позволяли опровергнуть старые, неправильные или неверные в новой ситуации положения. Точно так же и церковь, бывшая в VI-Х вв. во многом хранительницей знаний, становилась тормозом на пути развития науки. В стремлении сохранить за собой приоритетные позиции церковь препятствовала развитию новых концепций, которые противоречили ее многочисленным догмам, причем со временем этих противоречий становилось все больше, а неприятие возрастало. Именно в позднем Средневековье приобретала все большее значение инквизиция, которая пыталась отстоять прежние позиции церкви во власти и науке.
Все большее влияние на психологию Средневековья начинали оказывать и работы Платона и Аристотеля, концепции которых постепенно приобретали все более ортодоксальный характер. Многие крупные ученые того времени (Ибн Рушд, Ф. Аквинский) были последователями Аристотеля, доказывая, что именно их толкование этой теории единственно верное.
К кругу традиционных психологических проблем, исследуемых в средневековой науке, относится, прежде всего, изучение процесса мышления и его взаимосвязи с речью. Анализируя становление понятийного мышления, ученые ставили вопрос о происхождении общих понятий (универсалии). Наряду с вопросом о взаимосвязи знания и веры он становится одним из центральных в период схоластики. При этом реалисты (Эриугена, Гильом, Ансельм Кентерберийский) доказывали, что общие понятия реально существуют еще до вещей, в уме у Бога. Такой подход перекликался с позицией Платона, утверждавшего, что общие понятия существуют в мировой душе, являясь образцом для реальных предметов. Номиналисты (Росцелини, позднее Д. Скот, У. Оккам), напротив, считали, что общие понятия не существуют в реальности, есть лишь «дуновение голоса», т.е. слово, которым для удобства общения фиксируют группу сходных предметов. Основатель концептуализма (направления, примыкавшего к номинализму) П. Абеляр доказывал, что общие понятия существуют и вне вещей, в уме человека, т.е. слово - это не только звук, но и значение, которое, оставаясь в названиях, передается людям. При этом он одним из первых (наряду с Эриугеной) отстаивал верховенство разума над верой, говоря о том, что надо понимать, чтобы верить. Так к XI-XII вв. в науке начал возрождаться рационализм, который стал ведущим направлением в психологии и философии Нового времени.
В то же время наряду с продолжением исследования традиционных для античной науки вопросов психология Средневековья занимается и новыми проблемами. Прежде всего к ним относится изучение взаимосвязи психических и соматических болезней, проводившееся известным арабским психологом и врачом Ибн Синой. Эти работы заложили основы современной психофизиологии, впервые вскрыли природу стрессов и их влияние на состояние психики.
В церковной психологии также проводились важные исследования, направленные на изучение способов манипуляции большой массой людей, приемов снижения психического напряжения. Однако в трудные для человека моменты, во время социальных катаклизмов (войн, эпидемий и т.д.), случавшихся достаточно часто, особенно на протяжении VI-Х вв., этих естественных регуляторов психологической стабильности оказывалось недостаточно. Поэтому было необходимо разработать способы эмоциональной разрядки, очищения от страха и чувства вины. Такие способы были найдены в самой церковной культуре. Это были, прежде всего, обряды исповеди и покаяния; они давали людям уверенность в возможности очищения, снятия вины за свои поступки, за нарушения правил, неизбежные в реальной жизни, в возможности прощения и искупления тех ошибок, которые были ими сделаны. Таким образом, недовольство собой не накапливалось, снималась напряженность от осознания своих грехов, что способствовало укорененности и с собой, и с другими, предотвращало снижение самооценки. Терапевтический эффект этих обрядов был тесно связан с глубокой верой, надеждой на загробное воздаяние, которые служили в этом случае основой для катарсиса.
На вере основывались и способы лечения некоторых психосоматических заболеваний (например, истерии), которые использовались многими священнослужителями в средние века. Уверенность людей в том, что данный священник действительно может им помочь, приводила к тому, что наложение рук, прикосновение к одежде и т. п. становились мощным стрессовым фактором, излечивавшим больного. Технология внушения, помогающая при подобных заболеваниях, впоследствии была использована и в психоанализе.
В этот период продолжалось и развитие ораторского искусства, направленного на управление чувствами слушателей, заражение их определенным эмоциональным состоянием. Если в античности эти приемы основывались главным образом на речи, то в Средневековье использовались и невербальные средства (жесты, паузы, интонации и т.д.), что было серьезным приобретением психологии того времени.