Но в определенных ситуациях правоприменительные акты могут изменить или прекратить указанное правоотношение.

Варианты изменения правоотношения по уплате налога в силу принятия правоприменительного акта:
1) на основании п. 3 ст. 51 НК РФ исполнение обязанности по уплате налогов и сборов физических лиц, признанных безвестно отсутствующими или недееспособными, а также обязанность по уплате причитающихся пеней и штрафов приостанавливается по решению соответствующего налогового органа в случае недостаточности (отсутствия) денежных средств этих физических лиц для исполнения указанной обязанности. Как следует из п. 6 ст. 64 НК РФ по ходатайству заинтересованного лица уполномоченный (в т.ч. налоговый) орган вправе принять решение о временном (на период рассмотрения заявления о предоставлении отсрочки или рассрочки) приостановлении уплаты суммы задолженности заинтересованным лицом. Таким образом, налоговый орган при определенных обстоятельствах может (обязан) принимать решения о приостановлении обязанности по уплате налогов;
2) в соответствии с п. 4 ст. 57 НК РФ по отдельным видам налогов, которые исчисляются для налогоплательщиков налоговыми органами, до получения налогового уведомления (формы которых утверждены приказами МНС (ФНС) России от 27 июля 2004 г. № САЭ-3-04/440@, от 5 октября 2010 г. № ММВ-7-11/479@), налогоплательщик имеет право налог не уплачивать, пеня за неуплату данного налога (ст. 75 НК РФ) не может начисляться, а налоговый орган не может данный налог истребовать;
3) НК РФ в гл. 9 предусматривает возможность принятия уполномоченным органом решений об изменении срока уплаты налога.
Следует отметить, что действующее законодательство о налогах и сборах не предоставляет налоговым органам прав по уменьшению (тем более — по увеличению) суммы налога в конкретном налоговом правоотношении.
Случаи прекращения правоотношения по уплате налога вследствие принятия правоприменительного акта:
1) В п. 1 ст. 59 НК РФ предусмотрены случаи, когда недоимка, задолженность по пеням и штрафам, числящиеся за отдельными налогоплательщиками, плательщиками сборов и налоговыми агентами, признаются безнадежными к взысканию и списываются. В п. 2 данной статьи перечислены органы (налоговые и таможенные), уполномоченные на принятие решений о списании такой недоимки (задолженности). Приказом ФНС России от 19 августа 2010 г. № ЯК-7-8/393@ утвержден Порядок списания недоимки и задолженности по пеням, штрафам и процентам, признанных безнадежными к взысканию;
2) Как следует из подп. 3 п. 3 ст. 44 НК РФ обязанность по уплате налога и (или) сбора прекращается с объявлением физического лица — налогоплательщика умершим в порядке, установленном гражданским процессуальным законодательством Российской Федерации.
В силу ст. 279 ГПК РФ объявление гражданина умершим производится судом общей юрисдикции. Интересно то, что в случае явки или обнаружения места пребывания гражданина, объявленного умершим, «восстановление» обязанности по уплате налогов прямо не предусмотрено ни в ГПК РФ, ни в НК РФ.
Что касается иных налоговых правоотношений, то при их возникновении (изменении, прекращении) правоприменительные акты применяются достаточно широко и особенно характерны для правоотношений налогового контроля и правоотношений по принудительному взысканию налога (сбора, пени, штрафа).
В качестве примеров можно привести: решение о проведении выездной налоговой проверки (п. 2 ст. 89 НК РФ), требование о представлении документов (п. 1 ст. 93 НК РФ), решение о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения и решение об отказе в привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения (п. 7 ст. 101 НК РФ), требование об уплате налога (п. 1 ст. 69 НК РФ), решение о взыскании налога за счет денежных средств на счетах в банках (п. 2 ст. 46 НК РФ), решение о взыскании налога за счет иного имущества (п. 1 ст. 47 НК РФ), решение о зачете излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки по этому или другому налогу (п. 5 ст. 78, подп. 4 п. 3 ст. 45 НК РФ), решение о приостановлении операций по счетам в банке (п. 2 ст. 76 НК РФ), решение о наложении ареста на имущество налогоплательщика — организации (п. 6 ст. 77 НК РФ) и др.
Необходимо учесть, что в правовом государстве, каковым по Конституции РФ (ст. 1) провозглашена Россия, действует презумпция законности правового акта, в том числе законная опровержимая презумпция законности актов налоговых органов. Акт будет считаться законным и подлежащим исполнению до тех пор, пока не будет признан недействительным в установленном порядке (в том числе по жалобе заинтересованного лица), либо отменен принявшим его органом.