Местный налог зачисляется только в местный бюджет.

Следует отметить, что ранее имели место определенные исключения из этого правила. Так, ст. 12 Федерального закона от 23 декабря 2003 г. № 186-ФЗ «О федеральном бюджете на 2004 год» предусматривала, что земельный налог (местный в соответствии со ст. 21 действовавшего в тот период Закона РФ «Об основах налоговой системы в Российской Федерации») подлежал в том периоде частичному зачислению в региональные бюджеты.
В какой именно части федеральные налоги зачисляются в федеральный бюджет и в государственные внебюджетные фонды следует из ст. 50 и 146 БК РФ. Нормативы отчислений от федеральных налогов в региональные бюджеты установлены в п. 2 ст. 56 БК РФ. Кроме того, в ст. 58 БК РФ установлены дополнительные полномочия субъектов РФ по установлению нормативов отчислений в местные бюджеты от федеральных и региональных налогов и сборов, поступающих в региональные бюджеты. Налоговые доходы муниципальных районов и налоговые доходы бюджетов городских округов урегулированы, соответственно, в ст. 61.1 и 61.2 БК РФ.
Тем не менее, рассмотренные особенности свидетельствуют о том, что конкретный налог может устанавливаться одним публично правовым образованием, но право на его получение может быть и у иного публично правового образования. В постановлении КС РФ от 22 июня 2009 г. № 10-П отмечается, что федеральный законодатель уполномочен не только разграничивать налоги на федеральные, региональные и местные, но и осуществлять распределение доходов, поступающих от налогов, между бюджетами бюджетной системы Российской Федерации. Данный вывод соотносится с правовой позицией КС РФ, согласно которой бюджет субъекта РФ или местный бюджет не существуют изолированно — они являются составной частью финансовой системы Российской Федерации; недостаточность собственных доходных источников на уровне субъектов РФ или муниципальных образований влечет необходимость осуществлять бюджетное регулирование в целях сбалансированности соответствующих бюджетов (постановление от 17 июня 2004 г. № 12- П). Следовательно, федеральный законодатель вправе использовать налогообложение также в целях бюджетного регулирования. Как указано в определении КС РФ от 16 января 2009 г. № 146-О-О, несмотря на то, что бюджетная система Российской Федерации является единой, бюджеты разных уровней самостоятельны, а доходы, расходы и источники финансирования дефицитов бюджетов между бюджетами бюджетной системы Российской Федерации разграничиваются (ст. 28 - 31 БК РФ).
Распределение налогов по уровням бюджетной системы в определенной степени зависит от того, может ли объект (предмет) некоторого налога быть привязан к соответствующей территории. Так, НДС в настоящее время полностью зачисляется в федеральный бюджет (ст. 50 БК РФ). Для исчисления данного налога существенное значение имеет реализация товаров (работ, услуг) на территории РФ — статьи 146 — 148 НК РФ. Если же перевести НДС на региональный (на местный) уровень, это будет означать необходимость зачисления налога в бюджет публично правового образования по месту реализации. Соответственно, возникнет необходимость в объемном блоке норм права, регламентирующих этот параметр. С другой стороны, в поимущественных налогах вопрос территориальной привязки объекта (предмета) разрешается достаточно просто — как правило, налог зачисляется по месту нахождения имущества (на имущество физических лиц или организаций), либо по месту регистрации имущества (транспортный). Именно по этой причине поимущественные налоги в России урегулированы на региональном (местном) уровне. Конкретные правила о зачислении налога в определенные бюджеты (внебюджетные фонды) могут содержаться как в нормативных актах об этом налоге, так и в актах бюджетного законодательства. Так, в соответствии с п. 1 ст. 284 НК РФ; ст. 50, п. 2 ст. 56 БК РФ налог на прибыль организаций (федеральный налог) в определенных пропорциях зачисляется в федеральный (2% от общей ставки налога 20%) и региональные (18% от общей ставки налога 20%) бюджеты. В силу п. 2 ст. 56, п. 2 ст. 61, п. 2 ст. 61.1 БК РФ в бюджеты субъектов РФ подлежит зачислению 70% от суммы НДФЛ (федерального налога); в бюджеты поселений — 10%; в бюджеты муниципальных районов — 20%.
Обычно налогоплательщик уплачивает налог одной суммой, одним платежным поручением (платежным документом) на единый банковский (бюджетный) счет и не обязан учитывать либо контролировать последующее распределение налога по бюджетам. При уплате необходимо верно заполнить реквизиты платежного документа (поручения), так как эта информация впоследствии будет использована органами Федерального казначейства и налоговыми органами при распределении налога по бюджетам и внебюджетным фондам. Но могут быть и редкие исключения из этого правила. Так, в соответствии с п. 6 ст. 243 НК РФ (действовал до 1 января 2010 г.) уплата ЕСН осуществлялась отдельными платежными поручениями в федеральный бюджет, ФСС России, ФФОМС и ТФОМС. Иногда позиция о необходимости распределения налога по бюджетам (внебюджетным фондам) самим налогоплательщиком из законодательства прямо не следует, но высказывается органами исполнительной власти.
Так, в письме ФНС России от 17 августа 2006 г. № ММ-6- 21/820@, которым в нижестоящие налоговые органы направлено письмо Минфина России от 17 мая 2006 г. № 03-07-01-02/30, разъяснено, что нормативы зачислений налога на прибыль организаций в федеральный и региональный бюджеты установлены ст. 284 НК РФ, и соответственно уплата налога на прибыль организаций должна производиться отдельными платежными поручениями в федеральный и региональный бюджеты.
При обнаружении налогоплательщиком ошибки в оформлении поручения на перечисление налога, не повлекшей неперечисления этого налога в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующий счет Федерального казначейства, налогоплательщик вправе подать в налоговый орган по месту своего учета заявление о допущенной ошибке с приложением документов, подтверждающих уплату им указанного налога и его перечисление в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующий счет Федерального казначейства, с просьбой уточнить основание, тип и принадлежность платежа, налоговый период или статус плательщика. На основании заявления налогоплательщика и акта совместной сверки расчетов по налогам, сборам, пеням и штрафам, если такая совместная сверка проводилась, налоговый орган принимает решение об уточнении платежа на день фактической уплаты налогоплательщиком налога в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующий счет Федерального казначейства. При этом налоговый орган осуществляет пересчет пеней, начисленных на сумму налога, за период со дня его фактической уплаты в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующий счет Федерального казначейства до дня принятия налоговым органом решения об уточнении платежа (п. 7 ст. 45 НК РФ).
Приказом ФНС России от 2 апреля 2007 г. № ММ-3-10/187@ утверждена соответствующая форма решения об уточнении платежа и порядка ее заполнения.
Указанная процедура уточнения платежа, очевидно, отличается от зачета излишне уплаченного налога в счет недоимки (ст. 78 НК РФ). Одно из явных отличий — в результате уточнения налог фактически признается уплаченным должным образом, вследствие чего основания для начисления пени признаются отсутствующими; а в результате зачета излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки пени (ст. 75 НК РФ) на данную недоимку должны начисляться до момента принятия решения о зачете.